In aceasta continuare a blockbusterului X-Men (2000) este reluata aventura mutantilor, care fac echipa in acest film cu noi colegi, Ice Man si Pyro pentru a lupta impotriva unei amenintari comune la adresa umanitatii si a mutantilor. Inamicul lor comun este William Stryker, si a sa mana dreapta Lady Deathstrike. In acelasi timp Academia Mutantilor condusa de Profesorul X, este atacata de forte militare, iar vechiul coleg si inamic al Profesorului, Magneto evadeaza din inchisoarea de maxima securitate in care a fost lasat la sfarsitul primului film.
